小腦萎縮是一種原因不明的神經系統多部位慢性進行性萎縮的變性疾病，具體的發病機理尚不明確，但多考慮和遺傳性疾病有關。

一、疾病因素：

1、遺傳性小腦型共濟失調：如脊髓小腦共濟失調、Friedreich共濟失調等可導致小腦萎縮。

2、肝腦變性：慢性獲得性肝腦變性與肝豆狀核變性都可引起小腦變性。

3、其他疾病：如癌性小腦變性者、早老性癡呆者、急性小腦炎、帕金森氏綜合征等也可出現小腦萎縮。

二、非疾病因素：

1、遺傳現象：家族性黑朦癡呆的患者常有明顯的遺傳現象，神經細胞腫大，胞漿內充滿類脂質，顆粒細胞減少。

2、中毒：在慢性酒中毒和有機汞中毒時浦金野氏細胞消失，顆粒細胞不規則減少或大部消失，當有各種臟器癌(如胃癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、膀胱癌等)、惡病質、糖尿病性昏迷或慢性胃腸炎時，小腦顆粒細胞減少或消失，它們可能與中毒或營養不良有關。

3、感染：當有病毒感染(如流行性乙型腦炎、狂犬病等)時，病毒直接侵害浦金野氏細胞，引起它們的變性或壞死，有時顆粒細胞也壞死。

4、缺血或缺氧：當小腦血管受到壓迫或發生血栓或因其它原因引起小腦缺氧時，引起浦金野氏細胞和顆粒細胞的消失及小腦局部的萎縮。

5、創傷：外傷可直接的或間接的破壞小腦的灰質和白質引起萎縮，當有腦積水時，若第四腦室也受波及，則小腦白質受壓萎縮，灰質也變薄，神經細胞脫失，小腦幕可壓迫小腦的上而或一部分，使它們萎縮。